Своеобразие животного мира заповедника обусловлено его положением в центре "узла", образованного европейско-обской и восточно-сибирской зоогеографическими подобластями, а также Алтае-Саянской горной тайги, лесостепи Красноярской котловины и подзоны южной тайги Сибири. В фауне заповедника преобладают виды западных районов юга Сибири.

Большинство млекопитающих заповедника представители тайги и лесотундры (бурый медведь, волк, лисица, бурундук, белка, марал, лось и др.). Из 58 видов млекопитающих один вид (соболь) реакклиматизирован на территории заповедника в начале 50-х годов и 2 вида - американская норка и ондатра были завезены и выпущены с целью акклиматизации на территории Красноярского края.

Орнитофауна представлена 199 видами птиц. Из них гнездящихся – 151, оседлых – 42, летующих - 109, пролетных – 12, зимующих – 8, залетных – 12. В зимней орнитофауне фоновыми видами являются буроголовая гаичка и московка, длиннохвостая синица, поползень, свиристель, чечетка, глухарь, рябчик, тетерев, кедровка, пестрый дятел. Летом к наиболее многочисленным видам относятся синий соловей, пухляк, пятнистый конек, корольковая пеночка, московка, зяблик, большая синица, поползень и пестрый дятел. Средняя плотность населения птиц 400-600 ос./км 2 .