Флора заповедника насчитывает 1037 вида высших сосудистых растений, из них 260 видов – мохообразные, более 150 видов относится к категории особо охраняемых. Среди 8 лесообразующих пород преобладают сосняки (41%) и пихтачи (28%). Большая часть насаждений пройдена выборочной рубкой в 40-50-х годах. В низкогорье распространены подтаежные и лесостепные лиственно-светлохвойные леса на горных серых лесных почвах (8,1% территории), в среднегорной части – светлохвойная и темнохвойная тайга на горных подзолистых почвах.